O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining 2008 yil 16 sentyabrdagi “Qashqadaryo viloyatida g‘allachilik va paxtachilikning ilmiy bazasini yanada mustahkamlash va rivojlantirish choratadbirlari to‘g‘risidagi” qarori bilan “Qashqadaryo boshokli don ekinlari selektsiyasi va urug‘chiligi ilmiy-tadqiqot instituti” tashkil etilgan.
O‘zbekiston Respublikasi Prezidentiining 2014 yil 10 fevraldagi “O‘zbekiston qishloq xo‘jaligi ilmiy-ishlab chiqarish markazi faoliyatini takomillashtirish to‘g‘risidagi” PҚ-2125-sonli qarori, O‘zbekiston Respublikasi Qishloq va suv xo‘jaligi vazirligining 2014 yil 13 fevraldagi 33-sonli va O‘zbekiston qishloq xo‘jaligi ilmiy ishlab-chiqarish markazining 2014 yil 14 fevraldagi 6-sonli buyruqlari asosida institut “Don va dukakli ekinlar ilmiy tadqiqot instituti Qashqadaryo filiali” sifatida faoliyat yuritgan.
O‘zbekiston Respublikasi Prezidentiining 2021 yil 3 fevraldagi PF-6159-son “Qishloq xo‘jaligida bilim va innovatsiyalar tizimi hamda zamonaviy xizmatlar ko‘rsatishni yanada rivojlantirish to‘g‘risidagi” farmoni va shu kundagi “Qishloq xo‘jaligida bilim va innovatsiyalar milliy markazi faoliyatini tashkil etish to‘g‘risidagi” PҚ-4975-son qarori bilan Don va dukakli ekinlar ilmiy tadqiqot instituti Qashqadaryo filiali negizida Janubiy dehqonchilik ilmiy tadqiqot instituti tashkil etildi.